Universitas Merdeka Surabaya tumbuh dan berkembang melalui serangkaian proses. Prakarsa pendiriannya dilandaskan pada hasrat yang luhur untuk ikut serta mencerdaskan kehidupan Bangsa dan Negara seperti yang diamanatkan dalam Pembukaan Undang-undang Dasar 1945 dan Semangat Perjuangan yang berorientasi pada cita-cita Pembangunan Nasional, adapun prinsip yang mendasari upaya mewujudkan Hasrat dan Semangat Perjuangan tersebut adalah ilmu amaliyah dan amal ilmiah, yaitu pengembangan ilmu dan teknologi untuk diabdikan pada kehidupan Berbangsa dan Bernegara.
Dengan dasar hasrat semangat perjuangan itulah, maka pada tahun 1963 didirikan Universitas Bung Karno (UBK) yang dibentuk di bawah Pembinaan Pangdam VIII/Brawijaya, Bapak Mayjend. Basuki Rachmat yang kemudian berubah menjadi Universitas Hati Nurani Rakyat (HANURA), dengan Rektor pada waktu itu Kol. Dr. Sarnanto serta Sekretaris Djoko Darmono, BSc.
Berdasarkan Akte Notaris No. 5a tanggal 15 Juni 1964 dibentuk suatu Yayasan Perguruan Tinggi Bung Karno, yang berinduk pada Slagorde Kodam VIII/Brawijaya dengan Surat Keputusan Pangdam VIII/Brawijaya Nomor : SKEP/17/VI/1968 tanggal 17 Desember 1968, dan selanjutnya diubah/diganti Akte Pendiriannya dengan Akte Notaris Nomor 32/1972.
Berdasarkan Surat Perintah Pangdam VIII/Brawijaya Nomor Print.437/III/5/1972, Universitas HANURA diintegrasikan dengan Universitas Merdeka Pusat Malang, dengan perubahan nama menjadi Universitas Merdeka Koordinatorat Surabaya, dengan Rektor Letkol. A. Soetrisno, SH.BcHk.Mil, dan Sekretaris Djoko Darmono, BSc, di bawah Pembinaan Pangdam V/Brawijaya waktu itu Bapak Mayjend. Widjojo Soejono.
Berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Pusat Malang Nomor : SKEP/01/YPTM/1983 tanggal 18 November 1983, Surat Telegram Pangdam V/Brawijaya Nomor : STR/220/1983 tanggal 25 Oktober 1983 dan Surat Keputusan Danrem 084/Bhaskara Jaya Nomor : SKEP/18/XII/1983 tanggal 5 Desember 1983, maka Universitas Merdeka Koordinatorat Surabaya dilepaskan oleh Universitas Merdeka Pusat Malang, dan dibentuk Yayasan Universitas Merdeka Surabaya dengan Akte Notaris R. Soebiono Danoesastro Nomor : 26 tanggal 6 Juni 1984 dengan Ketua Yayasan Kol.Purn. F.H. Soerodjo.
Pada tanggal 25 Mei 1985 terjadi pergantian Rektor dari Letkol. Purn. A. Soetrisno, SH, BcHk.Mil, kepada Lekol. Purn. Dr. Amin Aryono, SpP, dan pada bulan April 1995 terjadi pergantian Ketua Yayasan dari Kol.Purn. Dr. H. Poernomo Kasidi (Alm) kepada Kol.Inf. Sunarto Sumoprawiro dengan Surat Keputusan Pangdam V/Brawijaya Nomor : Skep/58/IV/1995 tanggal 10 April 1995, dan berdasarkan Akte Notaris Wahyudi Suyanto, SH Nomor 023 tanggal 3 Desember 1997 diadakan perubahan nama Yayasan dari Yayasan Universitas Merdeka Surabaya menjadi Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka surabaya.
Pada bulan September 1998 terjadi pergantian Rektor dari Letkol.Purn. Dr. Amin Aryono, SpP kepada Ir. Gatut Prasetyo, MBA, dan pada bulan Desember 2000 terjadi pergantian Rektor dari Ir. Gatut Prasetyo, MBA kepada Ir. H.M. Chomsun dengan Surat Keputusan Pangdam V/Brawijaya Nomor : Skep/156/XII/ 2000 tanggal 8 Desember 2000.
Pada bulan Februari 2001 terjadi pergantian Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya dari Kol.Inf. H. Sunarto Sumoprawiro kepada Kol.Inf. Yos. Soeharto, SH.MM, sesuai dengan Surat Keputusan Pangdam V/Brawijaya Nomor : Skep/14/II/2001 tanggal 26 Februari 2001.
Sesuai dengan Keputusan Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya Nomor Kep-15/YPTMS/IX/2002 tanggal 27 September 2002 penetapan penunjukan Pejabat Sementara (Pjs) Rektor, yang akhirnya ditetapkan sebagai Pejabat Rektor Definitif dengan Keputusan Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya Nomor 53/SKEP/YPTMS/ VI/2003 tanggal 30 Juni 2003.
Dan pada bulan Mei 2003 terjadi pergantian Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya dari Kol. (Purn) Yos. Soeharto, SH.MM kepada Kol.Inf. H.M. Muchtar, SIP.MBA sesuai dengan Keputusan Pangdam V/Brawijaya Nomer Skep/79/ V/2003 tanggal 14 Mei 2003.
Pada Bulan Nopember 2007 terjadi pergantian Rektor dari H. Achmad Effendi, SH., M.Hum. kepada Hj. Surti Yustianti, SH., MH, sesuai dengan keputusan Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya No. 03/Skep/YPTMS/XI/2007 tanggal 13 Nopember 2007
Pada bulan April 2008 terjadi penngantian Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya dari Kol. (Purn). M. Muchtar, SIP, MBA kepada Letkol. (Purn) H. Djoko Agus S, SH, MBA, sesuai dengan Keputusan Pangdam V/Brawijaya No. Kep/60/IV/2008 tanggal 4 April 2008.
Pada tahun 2009 Universitas Merdeka Surabaya membuka Fakultas baru, yaitu Fakultas Ilmu Kesehatan dengan Program Studi Keperawatan untuk S-1, dan Kebidanan untuk D-3.
Pada saat ini Universitas Merdeka Surabaya memiliki 5 (lima) Fakultas dengan 7 (tujuh) Program Studi, yaitu :
1. Fakultas Hukum Program Studi Ilmu Hukum
2. Fakultas Ekonomi Program Studi Manajemen dan Akuntansi
3. Fakultas Teknik Program Studi Arsitektur
4. Fakultas Pertanian Program Studi Agroteknologi
5. Fakultas Ilmu Kesehatan Program Studi Keperawatan, dan Kebidanan
Pada bulan Maret 2012 terjadi pergantian Rektor dari Hj,
Surti Yustianti, SH., MH, kepada DR. H. Didit Darmawan, ST., SE., MM. sesuai dengan Keputusan Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya No. 02/KEP/YPTMS/III/2012 tanggal 13 Maret 2012.
Pada Tahun 2014 terjadi pergantian Rektor dari Dr. H. Didit Darmawan, ST., SE., MM. Kepada Zainal Arifin, SH., M.Hum.
Dan pada Tahun 2014 terjadi pergantian Rektor dari Zainal Arifin, SH., M.Hum ( karena meninggal dunia) kepada M.Roesli, SH., M.Hum sesuai dengan Keputusan Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya No. 07 / KEP / YPTMS / XII / 2014 tanggal 29 Desember 2014.
Pada tahun 2019 terjadi pergantian Rektor dari Mohammad Roesli, SH., M.Hum kepada Dr. Bachtiar Jusuf Helmy, SE., MM. sesuai dengan Keputusan Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya No. 74 / KEP / YPTMS / V / 2019 tanggal 06 Mei 2019.
Pada Tahun 2021 terjadi pergantian Rektor dari Dr. Bachtiar Jusuf Helmy, SE., MM. kepada Dr. Mohammad Roesli, SH., M.Hum sesuai dengan keputusan Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya No. 80 / KEP / YPTMS / IX / 2021 tanggal 01 September 2021.